Poiché ciascun progetto è indipendente da un altro puoi semplicemente scegliere di non aprire di nuovo lo stesso progetto e ignorarlo. Ma se vuoi riordinare tutti i file e rimuovere definitivamente un progetto, seleziona "File | Cancella progetto" e vedrai il seguente schermo:

Le prime due opzioni non sono marcate come precauzione nel caso in cui tu cancellassi accidentalmente il tuo progetto. Pertanto per cancellarlo permanentemente devi marcare la prima opzione, e quindi vorrai probabilmente che anche la seconda, la cartella delle immagini, venga eliminata.

Le rimanenti opzioni ti consentono di riordinare le cartelle che sono gestite da Fast-Help.

In fondo ci sono le scelte su cosa fare dopo aver cancellato il progetto. Puoi crearne uno nuovo, o fare click su uno degli ultimi quattro progetti che erano stati aperti in precedenza.